Sejarah terbentuknya Desa Warawatung dapat digambarkan sebagai berikut:
Warawatung terbentuk dari tiga (3) kampung yakni Warawatung,Wotan dan Lamaofong dengan sejarah pelarian dari ketiga kampung tersebut berbeda-beda. Warawatung berasal dari Tuak Wutu Awulolon, Wotan berasal dari Wotan Wutun Waiwuring dan Lamaofong berasal dari Lamadua Ilebelen. Ketiga Kampung ini dipimpin oleh dua kakak beradik Laba Kula Boli dan Asimumu Lutok yang menetap mula mula di sebuah daerah di lereng Gunung labalekan bernama Bota Baka Ina.
Karena kehidupan masyarakat pada waktu itu sangat bergantung pada hasil-hasil laut sebagai sumber makanan tambahan dan karena jarak dari Bota Baka Ina ke pantai yang cukup jauh akhirnya mereka berpindah ke Kampung Warawatung yang sekarang dijadikan nama desa dan masih terdapat satu sub desa dengan sembilan kepala keluarga dan tergabung dalam satu rukun tetangga atau RT.
Ketiga kampung kecil ini memiliki peran yang berbeda-beda yakni Warawatung sebagai Pemegang Hak Ulayat/Penguasa Ulayat atau dengan Bahasa setempat disebut Kdik Belek Tua Raja sedangkan kampung Lamaofong diberikan tugas sebagai Panglima Perang atau dengan sebutan Tunur Ina Kada laki dengan semboyan Lodo Nolu Geji Puje dengan dua orang panglima perang yang gagah perkasa bernama Grodo Galu Tifa dan Galu Uti Reket dan kampung Wotan bertugas sebagai pelayan atau hamba Abdi atau dengan Bahasa setempat disebut Motok Bleka.
Dalam perjalanan kehidupan kedua kakak beradik ini mengalami persoalan yang cukup rumit yang dipicu oleh sang kakak. Dan karena menyadari akan kesalahannya Asimumu Lutok sebagai kakak menyerahkan hak kesulungannya kepada adiknya Laba Kula Boli.Asimumu Lutok yang berubah status sebagai adik berpindah ke Levu Pnutu (Lewopenutung)
Desa Warawatung sejatinya telah ada pada jaman penjajahan hal ini dibuktikan dengan adanya kepala-kepala kampung pada jaman itu yakni jaman sebelum kemerdekaan Indonesia.
Berikut urutan Kepala Kampung dari jaman ke jaman:
1.Kampung Warawatung dipimpin oleh Kepala Kampung Dolu
2.Kampung Lewopenutung dipimpin oleh Kepala Kampung Dafin
Urutan-Kepala Desa Warawatung dari tahun ke tahun sebelum dan setelah kemerdekaan sebelum akhirnya tergabung dalam Desa Lusiduawutun yang menggabungkan kampung warawatung dan Levu Pnutuk atau Lewopenutung
1.Tahun 1934 – 1938 dipimpin oleh Kepala Laba Sabon
2.Tahun 1938 – 1942 dipimpin oleh Fatun
3.Tahun 1941 - 1946 dipimpin oleh Laba Hadung
4.Tahun 1946 – 1950 dipimpin oleh Yohanes Onga Blitin
5.Tahun 1950 – 1958 dipimpin oleh Lukas Golo
6.Tahun 1958 – 1968 dipimpin oleh Onga Blitin
Urutan Kepala Desa Lewopenutung dari tahun ke tahun:
1.Tahun 1934 – 1938 dipimpin oleh Kepala Dafin
2.Tahun 1938 – 1942 dipimpin oleh Bapa Ria
3.Tahun 1942 – 1946 dipimpin oleh Labot Pegan
4.Tahun 1946 – 1950 dipimpin oleh Yohanes Preta Manuk
5.Tahun 1950 – 1954 dipimpin oleh Yoseph Gfalot
6.Tahun 1954 – 1958 dipimpin oleh Yohanes Preta Manuk
7.Tahun 1958 – 1968 dipimpin oleh Frans Labot Lebao
Dari tahun 1968 kedua kampung ini bergabung dan membentuk sebuah desa gaya baru dengan nama Desa Lusiduawutun.
Urutan Kepala Desa Lusiduawutun dari tahun ke tahun:
1.Tahun 1968 – 1972 dipimpin oleh Frans Labot Lebao
2.Tahun 1972 - 1992 dipimpin oleh Benyamin Bala Atawuwur
3.Tahun 1992 – 1999 dipimpin oleh Kristoforus Olak Lebao
4.Tahun 1999 – 2001 dipimpin oleh Yeremias Doni Wolin
5.Tahun 2001 – 2007 dipimpin oleh Fransisko Sapi Atawuwur
6.Tahun 2007 - 2012 dipimpin oleh Eduardus Blawa Lebao
Pada masa kepemimpinan Eduardus Blawa Lebao Desa Lusiduawutun diusulkan untuk dimekarkan menjadi dua (2) yakni desa persiapannya adalah Desa Warawatung.
Desa Warawatung berdiri pada tahun 2012,dan dipimpin oleh seorang Penjabat Kepala Desa yang berrnama Konrardus Wadan dengan tugas utamanya mempersiapkan desa menuju desa defenitif.
Setelah resmi menjadi desa defenitif Desa Warawatung dipimpin oleh:
- Tahun 2013-2019 dipimpin oleh Konrardus Wadan
- Tahun 2020-2021 dipimpin oleh Pj.Paulus Tua
- tahun 2022-sekarang dipimpin oleh Safardi Kedati Lamak