Desa Warawatung merupakan salah satu dari 18 (delapan belas) desa yang ada di Kecamatan Nagawutung Kabupaten Lembata dan termasuk dalam kawasan desa pesisir,memiliki luas wilayah 7,21 km² dengan batas wilayah administrasi desa sebagai berikut:
- Sebelah Utara berbatasan dengan Gunung Labalekan
- Sebelah Selatan berbatasan dengan Laut Sawu
- Sebelah Timur berbatasan dengan Desa Lusiduawutun
- Sebelah Barat berbatasan dengan Desa Idalolong
Orbitasi dan jarak tempuh dari desa Warawatung ke ibu kota Kecamatan 35 km, dengan waktu tempuh 60 menit dan ke ibu kota Kabupaten 45 km, dengan waktu tempuh 120 menit.
Kondisi topografi wilayah desa Warawatung adalah daerah berbukit dengan kemiringan lahan 15⁰ dan ketinggian lahan 50 - 250 meter dari permukaan laut.Desa Warawatung beriklim tropis dengan curah hujan sedang dan suhu rata-rata 25⁰ - 36⁰C.Karakteristik tanah yang ada di wilayah desa Warawatung kurang subur karena struktur tanahnya adalah tanah pasir dan berbatu-batu. Wilayah desa Warawatung memiliki berbagai potensi alam yang cukup baik untuk dilakukan pengembangan secara berkelanjutan yakni potensi pertanian, peternakan, kehutanan, perkebunan,kelautan dan pariwisata.